Introducción: la comunicación interventricular aislada (CIV) es una de las cardiopatías congénitas más frecuentes a nivel mundial. Se desconoce cuáles son los factores pronósticos asociados a la morbilidad postoperatoria de los pacientes con CIV aislada en el Hospital de Pediatría del Centro Médico Nacional Siglo XXI. Métodos: se realizó un estudio de cohorte retrospectivo del 1 de enero de 2009 al 31 de diciembre de 2013. Se utilizó estadística descriptiva y comparaciones entre los grupos mediante chi cuadrada, U de Mann Whitney y regresión lineal. Se calcularon riesgos relativos (RR) e intervalos de confianza al 95 % (IC 95%). Resultados: se incluyeron 64 pacientes a quienes se les realizó cierre de comunicación interventricular aislada. El 12.5 % (n = 8) tenían antecedente de cerclaje pulmonar y 22 (34.3 %) pacientes tenían síndrome de Down. Las CIV perimembranosas y la subaórtica se presentaron en 70 % de los casos. Los factores asociados a una mayor morbilidad y estancia prolongada en terapia intensiva fueron: lactato al final de la circulación extracorpórea (CEC) mayor a 3mmol/L (p = 0.02) y el síndrome de Down (p = 0.02) quienes presentaron una mayor frecuencia de complicaciones postoperatorias (p = 0.02). Conclusiones: se encontró una asociación estadísticamente significativa: cuanto mayor era la clase funcional preoperatoria, mayor era su estancia intrahospitalaria, con mayor número de días en terapia intensiva y mayor tiempo de ventilación mecánica asistida.