Introducción: el citomegalovirus es responsable de infecciones persistentes, generalmente asintomáticas en personas sanas pero que en ausencia de una respuesta inmune efectiva puede causar enfermedad severa, por ello es muy importante su detección temprana en los individuos con trastornos de la inmunidad. El objetivo de esta investigación fue hacer un análisis del límite de detección, sensibilidad y concordancia de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en punto final con los obtenidos con la PCR en tiempo real. Métodos: se realizó un estudio transversal con 43 muestras de plasma humano positivas al virus de la inmunodeficiencia humano, provenientes de individuos de 18 o más años de edad, de uno u otro sexo. Todas las muestras tuvieron una carga viral-VIH mayor a 100 000 copias/mL. Para la PCR en punto final se empleó un método comercial para identificar UL54 (gen viral blanco) y para la PCR en tiempo real se amplificaron fragmentos de los genes UL54 (gen temprano) y UL83 (gen tardío) del citomegalovirus humano. Resultados: mediante PCR en punto final (método comercial-validado) solo tres individuos fueron positivos a citomegalovirus humano (7 %), con una la carga viral de 1500 a 1670 copias/mL. Las muestras positivas a citomegalovirus humano mediante PCR en tiempo real tuvieron un rango de 4.36 a 4692.86 copias de citomegalovirus humano. Conclusiones: es necesario tener al menos dos genes blancos de citomegalovirus humano para detectarlo de manera ratificada mediante PCR en tiempo real.